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Apparition de l’encéphalite de Murray Valley en Australie, transmise par des moustiques d’origine “tropicale”

Le virus de l'encéphalite de Murray Valley est un Flavivirus de la famille des Flaviviridae, responsable d'une zoonose endémique au nord de l'Australie et en Papouasie-Nouvelle-Guinée. C'est un arbovirus transmis par les moustiques qui survit dans un cycle oiseau-moustique-oiseau. Les oiseaux aquatiques de l'ordre des Ciconiiformes, dont font partie les hérons et les cormorans, constituent le réservoir normal. Bovins, marsupiaux, chevaux, moutons et singes constituent des réservoirs secondaires. Le principal moustique vecteur est le Culex annulirostris.

L’apparition d’une maladie transmise par les moustiques d’origine “tropicale” dans le sud-est de l’Australie a perturbé les chercheurs.

Corowa est située à côté de la rivière Murray, qui forme la frontière entre les États de Nouvelle-Galles du Sud (NSW) et de Victoria, au sud, dans cette région. C’est une région pittoresque qui attire les touristes pour la pêche, la navigation et la baignade chaque été. Elle est également riche en zones humides, créant des conditions idéales pour la reproduction des moustiques.

/// La rivière Murrumbidgee en Nouvelle-Galles du Sud, en Australie, en décembre 2022. Des pluies exceptionnelles ont provoqué des inondations des rivières et créé des conditions idéales pour la reproduction des moustiques  ///

Le superviseur de construction Gregory Sullivan a commencé à se sentir “un peu malade” – cela signifie “malade” en argot australien – l’après-midi chaud du 05 mars 2023. Lui et quelques amis venaient de terminer la pose d’une cheminée dans sa cour à Corowa, en Australie, une ville de 5500 habitants. Ses amis lui ont suggéré d’aller boire une chope au café, Gregory alors âgé de 30 ans, leur a dit qu’il devait décliner. 

La rivière s’écoule lentement à environ 300 mètres de la porte d’entrée de Gregory. Il vient de se coucher de manière inhabituellement précoce cette nuit-là. Il s’est réveillé le lendemain matin trempé de sueur et a vomi son petit-déjeuner. Il tombait rarement malade, et il n’était pas du genre à se plaindre, mais il a demandé à sa partenaire de l’emmener au petit hôpital local. Lorsque sa mère, Jo Gregory, infirmière, est venue le voir 24 heures plus tard, “j’étais absolument horrifiée par son apparence”, se souvient-elle. “Il gémissait. Il était pâle. Il était photophobe. Il avait l’air terrible.” Elle a demandé à l’infirmière en chef : “Comment puis-je le faire transférer ?”

Lorsque Gregory Sullivan fut transporté en ambulance au centre hospitalier régional d’Albury le jour suivant, il peinait à assembler des phrases et souffrait d’une céphalée si intense, se remémore-t-il, “comme si mon cerveau tentait de s’échapper de ma tête”.

Selon le médecin spécialiste des maladies infectieuses, Sam Thorburn, la céphalée, la fièvre et la confusion de Gregory  indiquaient une encéphalite, une inflammation du cerveau. Les globules blancs présents dans son liquide céphalorachidien concordaient avec cette condition. Cependant, ces symptômes n’étaient pas les seuls indices à la disposition de Thorburn. Gregory était le quatrième patient en autant de semaines admis à Albury pour une encéphalite. Comme Gregory, les trois autres présentaient de la fièvre et de la confusion. L’un d’entre eux, âgé de 46 ans, s’était suffisamment rétabli pour être renvoyé chez lui. Les deux autres, âgés de 61 et 75 ans, étaient plongés dans le coma et nécessitaient une assistance respiratoire.

Malgré une batterie de tests, la cause sous-jacente de l’encéphalite chez ces trois patients restait indéterminée. Aucun d’entre eux ne présentait d’infection herpétique, une cause grave mais traitable de l’encéphalite, ni de VIH, pouvant entraîner des symptômes similaires. De plus, il ne s’agissait pas d’une infection au cryptococcus, un champignon qui infecte le cerveau des individus immunodéprimés.

Parmi les causes envisageables, les virus transmis par les moustiques occupaient également une place importante, notamment deux virus endémiques en Australie pouvant causer l’encéphalite : le Kunjin, une souche du virus du Nil occidental, et le virus de l’encéphalite de la vallée de la Murray (MVEV), nommé d’après la vallée de la rivière où Gregory pratiquait la natation, le ski nautique, la pêche et la navigation depuis son enfance.

Les arbovirus endémiques (abrégés de virus transmis par des arthropodes) n’ont pas provoqué d’épidémies majeures en Australie, car ils ne se propagent pas entre les humains. Cependant, certains oiseaux sauvages et autres animaux peuvent les héberger et les multiplier, produisant des centaines de millions de copies après avoir été piqués par un moustique infecté. Lorsqu’un animal saturé de virus est piqué à nouveau, le moustique peut facilement transmettre le virus à des humains inconscients à proximité.

La plupart des personnes infectées par un arbovirus en Australie ne développent que des symptômes légers, voire aucun. Cependant, certaines tombent gravement malades, avec des risques de handicaps chroniques, voire de décès.

Grâce à un schéma météorologique La Niña, le mois de novembre 2021 a été le plus pluvieux de la Nouvelle-Galles du Sud depuis le début des enregistrements en 1900, inaugurant un été exceptionnellement pluvieux. Autour d’Albury, le nombre de moustiques était “hors normes, comme jamais auparavant”, se rappelle Thorburn. Malgré cela, les tests sanguins des trois premiers patients étaient négatifs pour le Kunjin et le virus de l’encéphalite de la vallée de la Murray (MVEV), ainsi que pour une éventualité moins probable présente dans le nord de l’Australie : la dengue. Un mois après l’admission du premier patient, Thorburn n’avait toujours pas de diagnostic.

Puis, le soir du 5 mars, alors que Gregory  était toujours dans le petit hôpital de Corowa, Thorburn découvrit un message posté la veille sur Ozbug, une liste de diffusion des médecins infectiologues australiens. Il débutait ainsi : “Cher collègue, Aujourd’hui, les départements de la santé ont informé les médecins … de la détection du virus de l’encéphalite japonaise chez des porcs en Victoria, en Nouvelle-Galles du Sud et dans le Queensland.” Thorburn savait que des exploitations porcines commerciales étaient disséminées dans la région desservie par l’hôpital.

Le lendemain, Thorburn envoya les échantillons sanguins des trois patients pour des tests d’anticorps du virus de l’encéphalite japonaise (JEV) au laboratoire de santé du département d’État le plus proche, à Melbourne, ajoutant Gregory lorsqu’il fut transféré de Corowa plus tard dans la journée. Au cours des jours suivants, les tests des quatre patients revinrent tous positifs.

Thorburn était abasourdi. Il savait que certaines personnes étaient parfois diagnostiquées en Australie après leur retour de pays tropicaux tels que l’Indonésie et la Papouasie-Nouvelle-Guinée, où l’encéphalite japonaise, la maladie causée par le JEV, est endémique. Cependant, une seule personne sur le continent avait déjà été diagnostiquée avec la maladie, et c’était à 2900 kilomètres au nord d’Albury, dans le Queensland tropical, en 1998. Trouver cette maladie fréquemment fatale ou invalidante dans le quadrant sud-est tempéré du pays était inédit.

Lorsque Linda Hueston, scientifique principale de l’unité des arbovirus et des maladies émergentes à NSW Health Pathology, effectua le premier test sur un échantillon de patient, elle constata “quelque chose qui ne devrait absolument pas être ici car nous n’avons pas le JEV dans le sud-est de l’Australie.” Pensant que son test avait échoué, Hueston le refit. Et encore. “Et puis vous découvrez qu’il n’y a rien de mal avec vos tests”, se souvient-elle. “Je me suis dit : ‘Pourquoi ici ? Pourquoi maintenant ? Qu’est-ce qui va suivre ?'”

Zones à risque 

Les zones densément peuplées de porcheries dans le sud-est de l’Australie coïncident avec celles les plus susceptibles d’abriter des moustiques capables de transmettre le virus de l’encéphalite japonaise (JEV). Normalement présente dans les tropiques, le JEV a provoqué une épidémie d’encéphalite japonaise ayant touché 45 personnes en 2023, causant six décès. La plupart des cas ont été enregistrés dans le sud-est tempéré.

/// Ministère australien de la Santé et des Soins aux Personnes Âgées ; Projet de Transparence Agricole ///

Cent quatre-vingts kilomètres au nord du lit d’hôpital de Gregory, à Albury, juste à l’extérieur de la petite ville agricole de Grong Grong, Robert Johnston, directeur général de la Pig Improvement Company (PIC) Australia, faisait face à une épidémie de son propre chef. Johnston gère une ferme porcine de 2500 truies, élevant 1200 animaux par semaine pour l’abattage et fournissant des stocks génétiques, via des envois de sperme, à environ 50 % des truies de l’industrie porcine australienne, évaluée à 5,5 milliards de dollars australiens.

La porcherie est située au milieu de champs de colza plats, non loin de zones humides qui sont des lieux de reproduction pour des dizaines d’espèces d’oiseaux aquatiques. Les récentes pluies avaient provoqué quatre inondations en 8 mois. À un moment donné, explique Johnston, les inondations de la rivière Murrumbidgee, normalement située à 5 kilomètres, étaient à seulement 300 mètres de la ferme.

“Il y avait de l’eau partout”, se souvient-il. “Les moustiques à l’extérieur [des porcheries] étaient horribles.” Puis, à la mi-janvier, plusieurs portées de porcelets sont nés en tremblant, signe d’une privation d’oxygène ou de traumatismes pendant l’accouchement. La plupart ne pouvaient pas téter et ont été euthanasiés. “Nous savions qu’il y avait quelque chose qui n’allait pas”, déclare Johnston.

Bernie Gleeson, vétérinaire de la société mère de PIC Australia, SunPork Farms, qui s’occupe des porcs à Grong Grong, a envoyé des organes de plusieurs des carcasses de porcelets au laboratoire de pathologie vétérinaire de l’État, à l’Institut agricole Elizabeth Macarthur (EMAI) près de Sydney. Cependant, les tests pour divers virus probables n’ont rien révélé.

Puis, le 07 mars il a reçu un appel d’urgence de Grong Grong. Le lendemain matin, il était dans la maternité de la porcherie, observant avec horreur, l’une après l’autre, trois truies mettaient bas des portées de porcelets momifiés avec des têtes en dôme, des cerveaux manquants, des ventres gonflés et des membres contractés.

La momification est un phénomène bien connu lors duquel un porcelet meurt pendant la gestation, se dessèche, puis naît plus tard rétréci et coriace, souvent aux côtés de frères et sœurs en bonne santé. Cela peut se produire chez les truies stressées, par exemple en raison d’une mauvaise nutrition ou d’une maladie. Normalement, les pertes combinées de la porcherie dues aux mort-nés et à la momification tournent autour de 10 %. Mais cette semaine-là, les pertes ont presque doublé. “Nous avons eu des portées entières décimées”, déclare Johnston, qualifiant plus tard cela de “tempête de nativités et de momies”.

Donna McPherson, coordinatrice de la santé et de la sécurité au travail de la porcherie, se souvient de la manière dont cette sombre réalité a bouleversé les employés. “Particulièrement dans la maternité, ce sont des personnes très attentionnées”, dit-elle. “Cela a eu un énorme impact sur le moral du personnel, aller jour après jour… devoir induire les truies. C’était horrible pour eux de devoir…” elle s’arrête. “Et ensuite de les éliminer.”

///  Des truies dans une porcherie en région rurale de Victoria. Plus de 80 porcheries australiennes ont été découvertes abritant le virus de l’encéphalite japonaise en 2023  ///

Le 23 février, Gleeson envoya des organes de 24 porcelets momifiés et mort-nés à l’EMAI. Deb Finlaison, virologiste vétérinaire principale de l’institut, lui indiqua que pendant 2 semaines, l’institut avait reçu un nombre croissant d’échantillons de porcelets morts-nés et momifiés provenant de différentes régions productrices de porcs de l’État. Lorsque Gleeson décrivit les essaims de moustiques qui avaient envahi la région en novembre, ils convinrent qu’elle testerait immédiatement des échantillons des porcelets tremblants nés à Grong Grong en janvier pour un virus qui prenait soudainement de l’ampleur : le JEV. Contrairement au Kunjin et au MVEV, une caractéristique du JEV est qu’il provoque des mort-nés et des momifications chez les porcs.

Le 25 février, le gouvernement diagnostiqua officiellement la porcherie de Grong Grong avec le JEV. Il imposa rapidement une interdiction de déplacement à l’exploitation, gelant tous ses porcs sur place. Le 1er mars, le département de la santé de l’Australie clarifia que le problème n’était pas isolé à Grong Grong : il annonça la détection du JEV dans huit élevages porcins, dont six en Nouvelle-Galles du Sud. Finalement, plus de 80 porcheries australiennes seraient déclarées infectées.

Il semblait que le risque ne se limitait pas aux porcs. Les quatre patients de l’hôpital d’Albury vivaient tous dans un rayon de 7 kilomètres d’une porcherie commerciale. Cela se situe largement dans la portée de vol du moustique Culex annulirostris, l’espèce de moustique qui est le vecteur prédominant du JEV en Australie.

À partir du milieu du XIXe siècle, le Japon a connu des vagues périodiques d’une énigmatique encéphalite tous les 10 ans environ. Elle touchait particulièrement les enfants et suscitait une inquiétude généralisée. En 1935, en plein milieu d’une de ces épidémies, les chercheurs ont isolé le virus causal du cerveau d’un patient décédé de la maladie, qui a été rapidement étiquetée encéphalite japonaise.

Depuis lors, le JEV s’est propagé dans une grande partie de l’Asie et du Pacifique occidental, devenant endémique dans 24 pays, de l’Inde à Taiwan et de la Chine à la Papouasie-Nouvelle-Guinée. En 2016, le premier cas a été signalé en Afrique, et le virus a été découvert chez des oiseaux en Italie. L’Organisation mondiale de la santé estime qu’il y a 68 000 cas annuellement et au moins 13 000 décès, bien que d’autres estimations soient plus élevées.

Lorsqu’un être humain est piqué par un moustique infecté, le virus se multiplie dans la peau et les ganglions lymphatiques, puis voyage temporairement dans le sang. À ce stade, la plupart des personnes sont asymptomatiques ou présentent des symptômes passagers tels que la léthargie et la fièvre. Cependant, dans quelques cas, moins de 1 %, le virus échappe aux défenses immunitaires et migre vers le cerveau, où il déclenche rapidement une inflammation prolongée qui tue les neurones et provoque des symptômes spectaculaires. Typiquement, la fièvre s’accompagne de changements cognitifs, de maux de tête et de vomissements, et parfois de crises ou d’un visage figé, indicatif de dommages aux mêmes neurones atteints dans la maladie de Parkinson.

///  Le moustique Culex annulirostris largement répandu est le principal vecteur du virus de l’encéphalite japonaise en Australie  ///

Rappels sur l’encéphalite de Murray Valley

Le virus de l’encéphalite de Murray Valley est un Flavivirus de la famille des Flaviviridae, responsable d’une zoonose endémique au nord de l’Australie et en Papouasie-Nouvelle-Guinée. C’est un arbovirus transmis par les moustiques qui survit dans un cycle oiseau-moustique-oiseau. Les oiseaux aquatiques de l’ordre des Ciconiiformes, dont font partie les hérons et les cormorans, constituent le réservoir normal. Bovins, marsupiaux, chevaux, moutons et singes constituent des réservoirs secondaires. Le principal moustique vecteur est le Culex annulirostris.

L’infection chez l’homme survient après piqûre du moustique. La plupart des cas sont asymptomatiques. La maladie dure habituellement 2 semaines et se caractérise par l’apparition de fièvre, céphalées, myalgies pendant 2 à 5 jours. Puis surviennent des complications neurologiques (encéphalite, syndrome méningé, convulsions, quadriplégie spasmodique, paralysies respiratoires et coma). 

Le taux de létalité atteint 20 %. Des séquelles neurologiques apparaissent chez 50 % des personnes infectées.

La plupart des personnes touchées dans les pays endémiques sont de jeunes enfants qui n’ont pas eu l’occasion de développer des anticorps contre le virus. (On peut en dire autant de presque toute la population australienne.) Jusqu’à un tiers des patients qui développent une encéphalite en meurent, et 30 % à 50 % des survivants présentent des déficits graves, notamment une faiblesse, des convulsions et un impair cognitif sévère. Aucun médicament approuvé pour traiter le JEV n’existe, mais des vaccins sûrs et efficaces existent et ont considérablement réduit le nombre de cas à l’échelle mondiale. Cependant, de nombreux pays endémiques disposant de ressources limitées ne pratiquent pas une vaccination universelle. Les Philippines ont récemment commencé à vacciner, et le Bangladesh démarre tout juste.

L’Australie avait été largement épargnée. Quelques cas humains sur l’île tropicale de Badu et le seul cas dans le nord du Queensland dans les années 1990 étaient censés provenir de moustiques infectés en provenance de la Papouasie-Nouvelle-Guinée voisine, transportés vers le sud par des vents forts. Puis, en février 2021, une femme aux îles Tiwi, tropicales en Australie, est décédée après avoir été infectée par un génotype rare du JEV, précédemment identifié avec certitude seulement en Indonésie. Maintenant, ce génotype rare du virus avait atteint 2500 kilomètres plus au sud. Le séquençage du virus responsable de l’épidémie de 2023 a montré qu’il était identique à 99,8 % à celui des îles Tiwi.

Ici ? Pourquoi  ? La suite ! 

De nombreux experts pensent qu’il aurait pu faire le trajet à travers des oiseaux échassiers, tels que les hérons et les aigrettes. Certaines espèces sont des réservoirs naturels pour le JEV, et les oiseaux jeunes et non immunisés en particulier peuvent agir comme des usines à virus, le transmettant aux moustiques non infectés. Des décennies de recherche en Asie montrent que les infections humaines ont suivi géographiquement les zones de déplacement de ces oiseaux.

Bien que le virus n’ait jamais été détecté chez les oiseaux aquatiques sauvages en Australie, le pays abrite plusieurs espèces d’aigrettes et une espèce de héron qui peuvent être infectées par le JEV en laboratoire. Et juste avant l’épidémie de 2023, la vie aviaire était florissante. Mars 2020 a marqué la fin d’une sécheresse de 3 ans dans le bassin du Murray-Darling, une zone de 1 million de kilomètres carrés qui draine les rivières Murrumbidgee et Murray et qui inclut Corowa, Albury et Grong Grong. Les lacs desséchés ont commencé à se remplir, et, dans les zones surveillées annuellement, la couverture des zones humides a plus que doublé entre octobre 2019 et octobre 2020. Lorsque les précipitations record sont arrivées l’année suivante, il y a eu une “explosion de la reproduction des oiseaux aquatiques”, selon Richard Kingsford, écologiste des oiseaux aquatiques à l’Université de Nouvelle-Galles du Sud, dont l’équipe réalise les enquêtes aériennes annuelles sur les oiseaux aquatiques dans l’est de l’Australie.

Ces oiseaux aquatiques abondants, dont beaucoup étaient des poussins particulièrement susceptibles au virus, pourraient expliquer comment les porcs ont été infectés en 2021 et 2023, explique Kingsford. “Lorsque ces poussins prennent leur envol, ils se disperseront largement à travers l’Australie”, dit-il. “Là où il y a une porcherie, il est tout à fait possible que ces oiseaux se nourrissent sur une zone humide voisine et que les moustiques se déplacent entre eux.”

Certains experts pensent qu’il existe une forte possibilité que le JEV soit arrivé sur la côte nord via des oiseaux aquatiques migrateurs infectés en 2020 et ait attendu son heure, se maintenant dans les oiseaux et les porcs sauvages, dont l’Australie compte des millions, jusqu’à ce que l’inondation du bassin du Murray-Darling attire les oiseaux vers le sud au printemps 2021. À ce moment-là, des légions de porcs dans des fermes commerciales semblent avoir rapidement déclenché une épidémie.

Cependant, il est possible que l’on ne sache jamais si c’est réellement ce qui s’est passé. D’autres chercheurs ont proposé que le virus ait voyagé vers le sud dans des nuages de moustiques infectés portés de la côte nord au sud-est par un cyclone.

Le rôle des porcs dans l’épidémie ne peut pas non plus être prouvé, déclare Cameron Webb, entomologiste médical à la Pathologie de la Santé de la Nouvelle-Galles du Sud et à l’Université de Sydney. Les cas humains se sont regroupés près des porcheries. Mais il est possible que les gens aient été infectés beaucoup plus souvent par des moustiques ayant piqué des oiseaux aquatiques infectés que par des moustiques ayant piqué des porcs infectés, dit-il. (À noter qu’aucun employé de porcherie n’est connu pour avoir été malade lors de l’épidémie.)

Cependant, une chose est certaine pour Webb : “L’émergence du virus de l’encéphalite japonaise est sans aucun doute liée aux conditions dominées par La Niña que nous avons eues dans l’est de l’Australie : beaucoup d’inondations, des précipitations supérieures à la moyenne.” Ces conditions ont favorisé non seulement les oiseaux, mais aussi les moustiques.

/// Cameron Webb examine une trappe à moustiques ce mois-ci dans les zones humides de mangrove le long de la rivière Parramatta à Sydney. La surveillance s’est étendue depuis l’épidémie de virus de l’encéphalite japonaise de 2023  ///

Le Culex. annulirostris, abondant dans le bassin du Murray-Darling, dépend des eaux stagnantes et douces pour se reproduire et se développer. Avec l’expansion des zones humides de la région en 2021, il a connu une explosion démographique. Webb et ses collègues ont ensuite analysé le paysage autour de dizaines de porcheries domestiques et ont constaté une forte association entre l’expansion temporaire des zones humides et l’infection des porcheries, une connexion en partie expliquée par la prolifération des moustiques.

Comme pour d’autres événements météorologiques, l’humidité record de la saison 2021-2023 ne peut pas être attribuée avec certitude au changement climatique. Mais à mesure que la planète se réchauffe, l’atmosphère retient plus d’eau, permettant des précipitations et des inondations plus intenses ; les précipitations quotidiennes associées aux orages ont augmenté entre 13 % et 24 % en Australie entre 1979 et 2016.

“Les cycles El Niño et La Niña sont naturels, mais ils sont plus extrêmes que jamais auparavant”, déclare Eloise Skinner, épidémiologiste à l’Université Stanford et à l’Université Griffith. Ces extrêmes peuvent créer et éliminer des sources d’eau, modifiant la répartition des espèces, y compris celles portant des maladies, dit-elle. “En tant que personne qui étudie les animaux, les maladies et les déplacements, je pense que le changement climatique est d’une importance cruciale.”

L’Australie a réagi vigoureusement à l’épidémie de JEV, intensifiant les messages de santé publique sur la prévention des piqûres de moustiques et distribuant finalement plus de 125 000 doses de vaccin aux populations à risque. Le personnel des porcheries était prioritaire : tous sauf deux des 26 employés de la ferme de Grong Grong ont reçu leur vaccin 11 jours après le diagnostic de la ferme. Pendant ce temps, les gestionnaires des porcheries ont lutté contre les moustiques en tondant l’herbe, en appliquant des insecticides, en éliminant l’eau stagnante et en réparant les écrans de fenêtre dans les bureaux et les salles de pause. La ferme de Grong Grong a rapidement repris l’expédition de porcs, mais comme une grande partie de l’industrie porcine de la région, elle a subi une perte financière considérable.

Le gouvernement a officiellement déclaré la fin de l’épidémie humaine en juin. Mais Gleeson sait que la menace n’a pas disparu. “Nous fabriquons des milliers de petites usines à virus chaque semaine dans nos fermes”, dit-il, “et vraisemblablement, elles sont toutes susceptibles d’infection et d’amplification du virus. C’est un problème.” Pour les chercheurs, l’arrivée du JEV en Australie a motivé de nouveaux efforts pour comprendre ce qui s’est passé et prédire les épidémies futures. “Nous avons besoin d’une approche plus holistique et intégrée où nous nous assurons que nous pouvons détecter les maladies, qu’elles soient chez les animaux, les moustiques, l’eau et le sol, ou les humains, le plus tôt possible”, déclare la modélisatrice mathématique Roslyn Hickson de l’Université James Cook (JCU) et de l’Organisation de recherche scientifique et industrielle du Commonwealth. Plus tôt cette année, elle et le virologue de la JCU, Paul Horwood, avec d’autres collègues, ont publié un modèle du risque de transmission du JEV aux humains à travers l’Australie, basé sur la densité de population et la présence des espèces de moustiques Culex pertinentes, des porcs et des oiseaux aquatiques. Le risque était plus élevé dans les régions côtières et intérieures du quadrant sud-est du pays, comprenant une grande partie du bassin du Murray-Darling. L’une des post-doctorantes du laboratoire, Anjana Karawita, analyse des échantillons stockés provenant d’oiseaux capturés pour des analyses génomiques qui devraient fournir les premières données sur l’exposition au JEV chez les oiseaux sauvages dans le pays. Et l’équipe examine d’autres réservoirs potentiels inexplorés du virus. “L’Australie a des animaux uniques qui ne sont pas présents dans d’autres zones où [le JEV] circule. Nous avons donc beaucoup d’inconnues sur les animaux qui vont être des réservoirs compétents”, déclare Horwood. “C’est quelque chose que nous devons vraiment maîtriser rapidement.”

/// Oisillons d’aigrette dans un marais en Nouvelle-Galles du Sud en Australie. Les aigrettes sont des réservoirs naturels du virus de l’encéphalite japonaise et les jeunes oiseaux non immunisés peuvent amplifier le virus  ///

Les efforts de suivi des moustiques se sont intensifiés également. Maintenant que la saison chaude, d’octobre à avril, est arrivée, Webb analyse des moustiques provenant d’environ 140 pièges en Nouvelle-Galles du Sud, dont 40 ont été récemment installés dans des zones intérieures depuis l’épidémie de JEV. Dans le laboratoire, son équipe congèle les moustiques, les compte et identifie leur espèce, puis les broie dans un “shaker” industriel pour une analyse génétique des virus qu’ils transportent. Si le JEV se cache, les chercheurs espèrent le trouver tôt pour que les autorités puissent émettre des avertissements publics et atténuer les infections humaines. (Aucun n’a été trouvé dans les échantillons de l’été 2023)

Les efforts de piégeage ont clairement montré que la disparition du virus n’était pas due au manque de moustiques : une équipe locale de surveillance dans le bassin du Murray-Darling en novembre 2023 a collecté un record de 33 000 moustiques dans un piège de 16 centimètres de diamètre.

Entre-temps, le département de la santé de la Nouvelle-Galles du Sud a ajouté des tests de JEV à un autre programme qui utilise de jeunes poulets comme système d’alerte précoce pour les arbovirus pouvant rendre les humains malades. Affectionnés sous le nom de “les filles”, les oiseaux n’ont jamais été exposés aux moustiques avant d’être placés dans des enclos extérieurs de novembre à avril ou mai. Leur sang est prélevé chaque semaine. Le sang d’un poulet, prélevé en février 2023, a testé positif pour les anticorps du JEV, mais les nouvelles collectes n’ont montré aucun signe du virus.

Cependant, la surveillance de l’autre côté du pays a révélé de nouveaux signaux d’alerte. Des poulets sentinelles en Australie occidentale ont été testés positifs à l’exposition au JEV au début de cette année. 

Et en mars, des anticorps du virus ont été identifiés pour la première fois chez des porcs sauvages en Australie occidentale. “Ce que cela signifie, c’est que ce virus est déjà répandu dans toute l’Australie”, déclare Horwood. “Et cela rend plus probable que le virus devienne endémique.” Après 5 jours à l’hôpital, Gregory Sullivan était assez rétabli pour rentrer chez lui. Il avait perdu 11 kilogrammes. Sa mère a versé des larmes en voyant son fils autrefois robuste allongé sur un canapé, pâle et diminué. “À ce moment-là, je ne pense pas avoir réalisé à quel point Jack avait été chanceux”, dit-elle. 

Deux semaines plus tard, Thorburn a trouvé le fonctionnement cognitif de Gregory dans les limites normales”, bien que sa mère décrive sa mémoire à court terme à ce moment-là comme “terrible”. Initialement trop épuisé même pour tondre sa pelouse, Gregory a peu à peu repris des forces. En août dernier, il a déclaré : “Je me sens aussi bien qu’avant d’être malade.” Gregory faisait partie des 39 Australiens diagnostiqués avec le JEV en 2023 qui ont survécu. Parmi les six autres qui n’ont pas eu cette chance, se trouvait l’homme de 61 ans qui était toujours sous respirateur à Albury lorsque Gregory a été libéré. Il a été débranché après 3 mois de maintien en vie artificielle. 

Une enquête gouvernementale sur les anticorps dans des échantillons de sang prélevés en juin et juillet 2023 auprès de plus de 1000 personnes à Corowa et dans quelques autres villes pertinentes a révélé que près d’une personne sur dix avait été infectée par le JEV. À l’approche d’un autre été en novembre 2023, Thorburn et ses collègues se préparaient à d’autres cas de JEV. Il y en avait trois à la fin de décembre. Puis le virus semblait disparaître. À la place, ils ont eu quelque chose d’ encore plus mortel : une épidémie de maladie causée par son cousin proche, le virus de l’encéphalite de la vallée de la Murray (MVEV). Dans l’État de Victoria, où Thorburn vit et travaille maintenant, il a rendu six personnes malades et en a tué cinq plus tôt cette année. (Quatre autres sont décédés dans d’autres États.) Alors qu’il traitait certains de ces patients à l’hôpital Austin de Melbourne, “c’était un peu étrange à quel point les présentations étaient similaires” à celles des cas de JEV de l’année précédente, dit-il. Là aussi, il n’avait aucun médicament pour attaquer la maladie. Les chercheurs sont aussi perplexes que les médecins face à la résurgence de MVEV. Skinner a assisté à une conférence sur la lutte contre les moustiques en août où une grande partie de la discussion portait sur “Où est passé le JEV ? Pourquoi le MVEV est-il là ?”, dit-elle. À son avis, le changement climatique a ouvert une ère d’incertitude. “Des choses étranges se produisent avec les virus encéphalitiques en Australie”, dit-elle. “Nous ne savons pas ce qui nous attend.”

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